Pod vedením kapitána Whiffilda na ní sloužilo 49 námořníků. Dne 9. dubna 1940 byla vyslána do války. Od počátku ji pronásledovala smůla, již při druhé plavbě, na řece Plata, se stala nehoda s protiletadlovým 4,7palcovým dělem. Při zkoušce se v něm zasekl náboj a museli ho improvizovaně odpálit. Náboj dopadl jen kousek od lodi. Třetí plavba vedla do západní Indie s nákladem cukru a rumu, po cestě nastal problém s parním kotlem. Oprava v Glasgow trvala dva měsíce.
Čtvrtá plavba měla být zároveň poslední ve službách armády. V květnu 1941 Thistlegorm s 39 muži pod vedením kapitána Williama Elvise vyplul ze skotského Glasgow do Alexandrie. Loď byla naložena municí, granáty, vozidly, motorkami, tanky, vlakovou soupravou a dalším vojenským materiálem pro spojenecké vojsko v severní Africe, ale cesta do Středozemního moře byla pro spojenecké lodě uzavřená, a proto trasa vedla kolem celého afrického kontinentu a Rudým mořem. Thistlegorm právě kotvil v oblasti Sha´ ab Ali v Rudém moři a čekal na povolení k proplutí Suezským průplavem. Ve stejnou chvíli z Kréty odstartovaly dva německé bombardéry typu Heinkel He 111 letky Kampfg, eschwader KG 26, které měly potopit Queen Marry, nacházející se právě v Rudém moři s 12 000 australskými vojáky na palubě a směřující na severoafrickou frontu. Kvůli nepřízni počasí a špatnému spojení piloti svůj cíl nenašli, a tak se vraceli zpátky. Když přelétávali nad Suezem, spatřili kotvící loď a rozhodli se, že na ni svrhnou bomby původně určené pro Queen Marry. Kotvící lodí byl Thistlegorm, který stále čekal na povolení k proplutí.

Ve 12.35 a.m., ráno 6. října 1941, den před svým vyložením, byl Thistlegorm zasažen dvěma bombami. Jedna dopadla do muničního skladu a výbuch roztrhl trup na dvě části. Ihned se začal potápět, ani ne za deset minut ho mořská hlubina sevřela do své náruče. Jeho posádku zachránila nedaleko kotvící HMS Carlisle, nepřežilo 9 lidí. Dokonce ani němečtí piloti nezůstali za svůj čin nepotrestáni, nad Středozemním mořem je sestřelili spojenci a do konce války zůstali v zajetí. Když se Thistlegorm potápěl, jeden z členů posádky, Angus McLeay, hrdinně obětoval svůj život pro záchranu námořníka, který ležel v bezvědomí v plamenech pod navijákem na kotvu. Za tento čin byl posmrtně vyznamenán Georgovou a Lloydovou válečnou medailí za statečnost na moři. Tento statečný člověk zemřel v roce 1991.

I přes tak pestrou minulost nebyl vrak Thistlegormu znám, po mnoho let sloužil pouze jako útočiště pro mořské živočichy, především pro velké kanice ( ti se zdržují pod lodním šroubem v hloubce okolo 31m), barakudy, které plují ve velkých hejnech v proudu kolem lodi, a také pro jiné druhy velkých ryb, jako jsou kranasové, netopýrníci a chňapalové. Uvnitř vraku a pod různými pláty žijí velké murény a úhoři. Často objevíte nahožábré plže, hlavně hvězdnatku čtyřbarevnou, bradavce modrého a polyceru velkorohou. Občas potkáte pyskouna obrovského, nebo dokonce delfína či žraloka.

Několik měsíců po svém potopení o Thistlegormu už nikdo nevěděl. Až 17. března 1955 se opět dostal na světlo světa. Objevil ho Jacques Cousteau na své výpravě v Indickém oceánu a Rudém moři na své lodi Calypso. První potápěč, který spatřil Thistlegorm v jeho posledním kotvišti – na mořském dně – byl Alberto Falco, hlavní potápěč a pozdější kapitán legendární lodi Calypso. První fotografie z vraku byli publikovány v časopice National Geographic Magazine v únoru roku 1956. Jacques Cousteau se obával o budoucnost lodi s ohledem na dobrodruhy a vykradače, úmyslně proto uvedl špatné informac o jeho posledním odpočinku. Vrak tak opět upadl v zapomnění. Nikdo o něm neměl ani tušení až do roku 1992, kdy byl znovu objeven amatérskými potápě Calypso. První fotografie z vraku byli publikovány v časopice National Geographic Magazine v únoru roku 1956. Jacques Cousteau se obával o budoucnost lodi s ohledem na dobrodruhy a vykradače, úmyslně proto uvedl špatné informac o jeho posledním odpočinku. Vrak tak opět upadl v zapomnění. Nikdo o něm neměl ani tušení až do roku 1992, kdy byl znovu objeven amatérskými potápěči. V roce 1994 televizní stanice BBC produkovala pod vedením Karolin Hawkins první dokumentární film Last Voyage of the Thistlegorm.

Od té doby je vrak hlavní atrakcí potápěčských výprav po celém světě. Mnoho potápěčů z celého světa se sem sjíždí, aby se seznámili s historií a kouzlem tohoto vraku. Vrak se nachází 38 mil od přístavu Hurghada či 31 mil z Sharm El Sheikhu. Thistlegorm je dlouhý 126,5 m a široký 17,5 m. Paluba se nachází v hloubce 17 metrů a kýl ve 30 metrech, proto je dostupný pro rekreační, avšak zkušené potápěče. Kvůli často se vyskytujícím mořským proudům musejí potápěči sestupovat pomocí lan, jež jsou uvázaná k vraku lodi do hloubek 20 – 30m. Stačí malá nepozornost a silné proudy vás odnesou daleko od vraku i vaší potápěčské lodi.

Při sestupu se pomalu objevuje silueta vraku, je to nádherný pohled. Postupně lze rozeznat tvar i jeho jednotlivé části. Loď má čtyři paluby. Na přední palubě se nachází obrovský naviják kotvy. Kotevní řetěz padá stále hlouběji až na samotné dno. Vlastní kotvy leží cca 200m od lodi. V místě exploze jsou vidět převrácené tanky typu Carriers MK II dlouhé 3,72 m o hmotnosti 4 tuny, munice, torpéda, křídla letadel. Nalézají se tu stále nevybuchlé hlavice, proto je na místě velká opatrnost.

Téměř dvacet metrů od levoboku, v hloubce 28 m byla výbuchem vymrštěna lokomotiva Stanier 8F – součást vlakové soupravy určené do Afriky. Na pravoboku najdeme druhou lokomotivu. Součástí soupravy jsou i cisterny a tendry na uhlí, která se nachází stále na horní palubě. Na zádi jsou dva protiletadlové kánony, 40 mm a 11,9 cm kanón a obrovský lodní šroub. Vplutí do vraku a nákladového prostoru vyžaduje již značné zkušenosti, znalost a dodržování pravidel bezpečného potápění při průniku do vraků. Pozornost upoutají především nádherné motorky BSA W-M20 dosahující kdysi max. rychlosti 110 km/hod. a taká výkonné motocykly o 16 hp typu NORTON 16 H a Matchless G3L a další vojenský materiál (obuv, šatstvo, nářadí, náhradní díly a motory do letadel). Za zvláštní prohlídku stojí armádní auta na druhém podlaží: FORD WOT2, BEDFORD OY, jeep Morfia Commercional. Se souhlasem Martina a Petra Zolmana.